گوانیدین هیدروکلراید به‌عنوان عامل دناتوراسیون قوی می‌تواند پروتئین‌های نامحلول یا دناتوره شده مانند اینکلوژن بادی‌ها را حل کند. این ترکیب در مرحله اولیه ریفولودینگ پروتئین‌ها یا آنزیم‌ها به شکل فعال استفاده شود.
گوانیدین یک مولکول کوچک هیدروسکوپیک است. گوانیدین هیدروکلراید یک عامل دناتوره کننده قوی آنزیم‌های است که با تغییرات ساختاری آنزیم منجر به از دست دادن کامل فعالیت آن‌ها می‌شود.
این محصول در مهار فعالیت پروتئین شوک گرمایی 104 (Hsp104) آدنوزین تری فسفاتاز (ATPase) نقش دارد.
این ماده در دناتوراسیون آلکالن فسفاتاز (ALPase) در Haliotis diversicolor نقش دارد. گوانیدین منجر به غیرفعال شدن آنزیم‌هایی مانند پاپائین و آمینوآسیلاز می‌شود. گوانیدین در غلظت‌های بالاتر، در غیرفعال شدن ویروس‌هایی مانند ویروس هرپس سیمپلکس 1 (HSV-1) نقش دارد.